Dankeschön, die Frage war ja vor kurzem schonmal aufgetaucht 
Berechtigte Frage, eine Vergleichszahl wäre schon hilfreich.
Wie schon im anderen Beitrag Frage Trackingunterschiede PHP - Javascript - #7 by Lukas erwähnt, kommt es am Ende darauf an, was Dein Ziel bei der Auswertung Deiner Statistik ist, um sagen zu können, welche Tracking-Variante Dir die besseren Resultate liefert.
Ich würde bei den “800 mehr” erstmal schauen, ob sich abzeichnet, dass es sich da um Menschen handelt oder um etwas anderes.
Dazu würde ich Dir raten, neben der Besucherzahl auch andere Parameter zu betrachten - hat sich die durchschnittliche Verweildauer und die Bounce-Rate stark verändert? Oder folgen die 800+ dem Dir bekannten Besuchsmuster?
Hast Du einmal eine Idee entwickelt, was für ein Traffic sich da neuerdings abbilden lässt, und hast Du den “alles ist anders”-Schock erstmal verdaut kann es sein, dass Du froh bist, diesen Traffic nun “sehen” zu können.
Naja, es sei denn, Du hast sonst eher 20 Besucher pro Tag und findest die jetzt nicht wieder 
Poste gern mal alle Dir auffallenden, sich stark verändernden Parameter wenn Du magst, vielleicht lässt sich daraus eine Erklärung ableiten.
Welcher Browser/Bildschirmtyp ist z.B. am heftigsten angestiegen?
Oder verteilen die 800+ sich über alle Devices/Browser? Da lässt sich sicher einiges finden.
@Lukas
hier kommt jetzt wieder ein typischer Richard-Vorschlag… my apologies
Wäre es nicht klasse, wenn die DEMO installation, die meines Wissens die Matomo-Website und dieses Forum trackt dupliziert werden könnte, so dass man sich dort die Ergebnis-Unterschiede zwischen JS-tracking und php-tracking im Vorfeld ansehen könnte?
Wie Olis Bericht aufzeigt, führt ein nachträglicher Wechsel ja zu einer Verzerrung der Datenlage, drum wärs ja am besten man wüsste von vorne herein, welcher Weg der bessere für das jeweilige Projekt ist.
So eine öffentliche Vergleichsquelle würde uns hier auch das Diskutieren/Helfen vereinfachen, es würde natürlich voraussetzen, dass alle Seitenbesuche zeitgleich via JS-tracking und php-tracking erfasst werden, aber das sollte ja eigentlich kein Problem sein, oder?