Hallo,
Man kann mit einer Matomo Instance so viele Webseiten wie man will auf beliebig unterschiedlichen Domains tracken.
Das Problem hier ist eher ein sprachliches: Man muss unterscheiden zwischen Third-Party im technischen Sinne (zum Beispiel bei CORS oder cookies), wo eine Unterschiedliche Origin (also entweder eine andere Domain oder ein anderes Protokoll) und im “rechtlichen” Sinne (also von einer anderen Person, Firma, etc. betrieben).
Aus Datenschutz-Sicht ist es egal, ob die Webseite https://siteA.example an https://matomo.siteA.example oder https://matomo.siteB.example schickt, da das ja nur technische Details und Namen sind. Wichtig ist, wer der Betreiber dieser Seiten sind und was sie mit den Daten machen.
Ich verstehe aber, dass solche URLs etwas unschön sind und ich persönlich habe meinen Webserver eingerichtet, dass https://matomo.siteA.example und https://matomo.siteB.example einfach dieselbe Webseite ausliefern.