Wir haben dasselbe Problem.
Fatal error: Call to undefined method Piwik\Updater::addComponentToCheck() in …/plugins/CoreUpdater/CoreUpdater.php on line 131
Die Daten von Piwik liegen in der Datenbank.
Die Dateien auf dem Server kannst du problemlos löschen bzw. neu hochladen.
Solange die Config wieder verwendet wird, oder im Installationsprozess die selben Datenbankverbindungsdaten angegeben werden sollte es keine Probleme geben.
Ohne eine Fehlermeldung kann man das schlecht pauschal sagen.
Hast du Zugriff auf das Error-Log von PHP? Vllt stand dort ein Fehler der aur die Ursache hinweist.