Prinzipiell empfehle ich eher eine eigene Subdomain anzulegen, aber ein Unterordner der bestehenden Webseite geht auch.
Aber dann muss man aufpassen, denn alle Einstellungen, die wordpress in der .htaccess setzt gelten auch für die Unterverzeichnisse. Und wenn man ein Wordpress-Plugin verwendet, welches nur den Zugriff auf vordefinierte Pfade von Wordpress erlaubt, wird Matomo natürlich nicht funktioniert.
Aber ich würde jetzt nicht so viel Arbeit investieren. Benaka hat schon eine erste Version der Lösung geschrieben, die vermutlich noch in den großen 3.5.0 release nächste Woche kommt.
Und bis dahin könntest du als Workaround anstatt des iFrames einfach einen Link auf die URL des iFrames setzen.
Denn so kommt der Besucher auf die Matomo-Domain und das Opt-Out funktioniert.