Hallo,
Ich glaube, ich weiß, warum so viele Leute von dieser Warnung verwirrt sind.
Die deutsche Übersetzung Private Verzeichnisse benötigt ergibt keinen Sinn und sollte Verzeichnisse, welche privat sein müssen lauten (was leider erst im nächsten Update übernommen wird).
Kurz gesagt: Einige Dateien von Matomo sollten wirklich nicht öffentlich sein (also vom Webbrowser aus erreichbar sein). Matomo generiert hierfür .htaccess Dateien, die Apache sagen, dass Aufrufe dieser Dateien blockiert werden sollen.
Wenn man nun aber einen anderen Webserver als Apache verwendet, muss man selbst die Konfiguration anpassen, sodass diese Dateien nicht errreichbar sind.
Es kann aber auch sein, dass man Apache verwendet, aber in der Configuration deaktiviert hat, dass .htaccess Dateien unterstützt werden. Dann sollte man das ändern (Stichwort AllowOverride).
Im Enderfolg ist das kein Fehler in Matomo, sondern ein neuer Check in 4.3.0, welcher sicherstellt, dass der Webserver richtig eingerichtet ist.