Hab den Fehler gefunden!
In der nicht trackenden Website gab es in der htaccess der Website eine content-security-policy, die die Ausführung von matomo.js verhindert hat.
Ach ja und durch einen Copy’n paste Fehler steht die Ziffer 1 in
_paq.push(['enableHeartBeatTimer', 1]);
versehentlich noch in Hochkommata. Da gehören keine rein.