Hallo,
Die nd_mysqli Unterscheidung gibt es glaube ich nur bei manchen Hostern (PHP Version change causes "server gone away" error)
Du könntest probieren, die config.ini.php zu bearbeiten und in der [database] section adapter = "MYSQLI" einfügen. Vielleicht war das vor dem Neuinstallieren gesetzt und funktioniert in Kombination mit deinem Serverhost (bzw. dessen anscheinend niedrigen Beschränkungen) besser.