Du sollst gar keine Dateien bearbeiten, sondern stattdessen das console Programm auf der Kommandozeile ausführen. Falls du auf deinem Webserver keinen Zugang zur Kommandozeile hast, kannst du Matomo auch in den allgemeinen Einstellungen sagen, dass es die Konvertierung irgendwann im Hintergrund machen soll.
Der Grund, warum keine Daten auf deiner Webseite mehr gesammelt werden ist der, den ich hier einmal Beschrieben habe: