Hallo,
Du hast zwei Probleme, die komplett unabhängig voneinander sind.
Zu den zwei Tracking-Codes: Du kannst auch den neuen Tracking code löschen. Aber der alte Tracking-Code sendet die Daten an SiteID 11, wärend der neue sie an SiteID 1 sendet (die Seite, die du beim Installieren eingerichtet hast).
Du müsstest dann also im alten Tracking-Code diese Zeile anpassen:
_paq.push(['setSiteId', '11']);
Das andere (komplett unabhängige Problem) ist AMP. Vielleicht sollte ich damit anfangen zu erklären, was AMP ist (ich versuche objektiv zu sein, meine persönliche Meinung kommt am Ende):
Um dafür zu sorgen, dass Webseiten am Handy schneller laden, hat Google AMP erfunden. Es ist ein in mancher Hinsicht vereinfachtes Subset von HTML. Es gibt viele Einschränkungen (man kann nicht einfach so eigenes Javascript wie das Matomo Tracking-Script verwenden), was das Ziel haben sollte, dass Webseiten einfacher und damit schneller sein sollen. Außerdem ermöglicht es Google, die Inhalte der Webseiten zwischenzuspeichern. Wenn jemand auf Google nach Nachrichten sucht und einen Artikel antippt, kommt man nicht auf die Webseite, sondern auf eine Kopie davon, die von Google gespeichert wurde und daher schneller sein soll.
(z.B. https://www.google.com/amp/s/www.derstandard.at/story/2000115810293/aktuelle-zahlen-zum-coronavirus%3famplified=True, funktioniert nur am Handy)
Subjektive Meinung: Man braucht keine Technik von Google um Inhalte, die Webseiten langsamer machen wegzulassen. Dafür reicht es, sie einfach nicht einzubauen. Außerdem erlaubt AMP Google viel Kontrolle über Inhalte anderer, indem sie bei Google Suchergebnissen Leuten nicht den Link zu echten Webseite anzeigen.
Was dein AMP-Wordpress-Plugin genau macht, kann ich nicht sagen. Das müsstest du beim Entwickler nachschauen. Aber, dass der Matomo-Tracking-Code entfernt und durch den Image-Tracker (der den Großteil der Daten nicht erkennen kann) ersetzt wird, ist nicht wirklich ein Bug, sondern Absicht des Plugins und gewisser weise auch AMP, da dies eine der Einschränkungen ist.