In der Zwischenzeit gab es zwei neue Ideen. Erstens:
Anscheinend kann man in CPanel bei manchen Anbietern verschiedene MySQL clients auswählen und mit manchen davon funktioniert es wohl besser.
Andererseits ist in der config/config.ini.php vielleicht adapter=MYSQLI oder so eingestellt. Wenn man das entfernt, verwendet Matomo PDO, was vermutlich besser funktioniert.