Problem gelöst, es war bei uns eine falsche VHost Konfiguration schuld
Soviel ich weiß, muss bei ssl-verschlüsselten Websites entweder Piwik auch über ein eigenes Zertifikat ssl-verschlüsselt sein (bei eigener Domain oder subdomain) oder alternativ innerhalb des Domain Roots der ssl-verschlüsselten Website ausgeführt liegen, z.b. https://meinedomain.tld/piwik/
Dann gibt es in der Regel keine Probleme.